مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته را بیابندکه قصد جان رئیس جمهور کرده ، در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.

وقتی دارویی برای درمان ژن های حهش یافته پیدا می شود , انسان‌های جهش یافته به دو گروه تقسیم می شوند: «مردان ایکس»، که توسط پروفسور چارلز ژاویر رهبری می شود، و «برادری»، گروهی از جهش یافتگان قدرتمند که «مغناطیس»، دوست سابق پروفسور ژاویر در راس آن‌ها قرار دارد.

خدمه ای از ماهیگیران وقتی بدهی هایشان شروع به انباشته شدن می کند، آب های خطرناکی را زیر پا می گذارند.

جوانی به نام «مانتی بروگان» (نورتن)، به کارهای خلاف کشانده شده و پخش کننده ی موادر مخدر شده است. سرانجام او دستگیر و به هفت سال زندان محکوم می شود. او در آخرین روز آزادی، زندگی خود را مرور و از خودش سؤال می کند که کی و چرا در چنین مسیر خلافی افتاد...

این فیلم داستان فردی را روایت می کند که توانایی سفر در زمان را دارد. او از آینده به زمان حال آمده است تا از شیوع بیماری مرگباری که نسل انسان را نابود خواهد کرد، جلوگیری کند.

یک خانواده امریکایی به دام گروهی از انسان‌های روانی می افتند، انسان‌هایی که در بیابان و به دور از تمدن زندگی می کنند.